Manchmal, jedoch nicht immer und bei allen Krankheitsverläufen, können komplementäre (d.h. die Schulmedizin ergänzende) Therapieformen helfen. Vor allem in der schubfreien Zeit können sie den Körper stärken und die Psyche stabilisieren, um möglichst lange in Remission zu bleiben. Zwei seien hier kurz vorgestellt. Neben der klassischen Schulmedizin gibt es viele weitere mehr oder minder gut untersuchte Behandlungsformen, wie z.B. pflanzliche Präparate.

Das zurzeit am häufigsten für CED diskutierte Präparat ist der Weihrauch (z. B. H15). Dieser Wirkstoff stammt ursprünglich aus Indien und wird seit Jahrhunderten bei einer Vielzahl entzündlicher Krankheitsbilder eingesetzt. In klinischen Untersuchungen konnten bisher jedoch noch keine befriedigenden Ergebnisse erzielt werden.

Ein weiteres Beispiel für komplementäre Therapieformen ist die Traditionelle Chinesische Medizin (TCM), mit der auch junge Betroffene schon gute Erfahrungen machen konnten. Die Grundlage der TCM ist eine philosophische Betrachtungsweise des Lebens. Hierbei wird von der gegensätzlichen und sich gleichzeitig ergänzenden Polarität aller Dinge und Kräfte, in China als Yin und Yang bezeichnet, ausgegangen. Jede Erscheinungsform des Lebens, also auch der Mensch, besteht nach dieser Auffassung aus diesen „gegensätzlichen Kräften“, die sich einerseits zwar gegenüber stehen, sich andererseits aber gegenseitig ergänzen und nur gemeinsam ein vollkommenes Ganzes bilden. Gesundheit bedeutet im chinesischen Sinne ein harmonisches Gleichgewicht aller Kräfte. Ein Ungleichgewicht bedeutet Krankheit oder Störung des Wohlbefindens. Die TCM folgt dieser Vorstellung und betrachtet nicht ein gestörtes Organ als behandlungsbedürftig, sondern stellt dieses gestörte Organ mit dem Gesamtsystem Mensch in Beziehung. Ebenso berücksichtigt die TCM die Einbindung des Menschen in seine Umwelt.

Grundsätzlich gilt jedoch, dass diese beiden vorgestellten komplementären Therapieverfahren eher nur bei mäßig ausgeprägter Erkrankung wirken. Eine wichtige Alternative zu Kortison ist dagegen die Ernährungstherapie bei Kindern und Jugendlichen.